No sé dónde está ese supuesto "gran problema" o supuestas "genealogías incompatibles" ...

1) Ésto: Caín ha sido desterrado a la tierra de Nod, y allí conoce a una mujer, que vale, que resulta ser su hermana, pero que surge como de la nada ... es una falacia. En ninguna parte dice que la mujer que Caín tomó como esposa vivía en ese lugar adonde fue desterrado. De hecho, si lo fue sin ser destruído, es porque se sobrentiende que podría reproducirse como ser humano según el propósito original con que la familia entera había tenido su creación. Es lógico entender que llevó consigo a su pariente antes de salir al destierro.

2) Como ya menciona ELB antes, Adán y Eva tuvieron muchos más hijos que solo Caín, Abel y Set, y en ese "muchos" hay HIJAS incluídas. Las hijas normalmente no se mencionan en las genealogías excepto en raras excepciones ... Si pasó algún tiempo ANTES DE QUE Caín tuviera que salir de al lado de su familia (que eso es precisamente lo que significa que haya sido DESTERRADO) ... no lo sabemos, pero obviamente cuando salió de ahí, ya llevaba a su mujer con él. Es una forma en que entendemos la historia AUNQUE no se dén los detalles ... y es muy válida y realista desde que la Escritura aclara lo de los varios "hijos e hijas" que la primera pareja tuvo (Gén. 5:4).

3) La Escrituras SÍ DICEN que Adán y Eva fueron personajes reales. No se puede buscar la verdad negando DATOS que sí se dán, y especulando con datos que se omiten. LO QUE SÍ ES una completa desfachatez es negar la creación de Adán y Eva teniendo tantos elementos que avalan la historia como verídica, con el pretexto de que hay detalles que se omiten en las Escrituras.