Una exclamacion a Dios primero dices, revisemos pues:
La Biblia que usas dice: , Tomás le dijo: “¡Mi Señor y mi Dios!

Tomas usa el pronombre : LE

Efectivamente se estaba refiriendo a Cristo pues se dirige a El cuando usa ese pronombre.

Considerando el uso del pronombre "LE" no da cabida para se refiera a Jesús cuando dice “Mi Señor” y luego se refiera a Jehová cuando dice “mi Dios”