Para mí, el significado de "¿Por qué me llamas Bueno? Bueno solo hay Uno, Dios" es el siguiente:

Dios es la única fuente de Bondad.
Todo lo que llamamos "bueno" en la tierra, lo es gracias a su conexión con esta fuente.
Las personas justas, o buenas, lo son no por naturaleza, sino porque están conectadas con esa Fuente. El ser humano no es bueno en automático: necesita elegir la comunión con Dios. Necesita aceptar "abrir la puerta" para que El Cristo habita con ella.

(Las plantas y animales son buenos automáticamente: están conectados con el Creador y hacen aquello para lo que fueron creados)

En este pasaje, tomemos en cuenta que muchos judíos desconfiaban de que Jesús venía de Dios. Así que al recibir el trato de "Maestro Bueno", Jesús pone al descubierto la contradicción. Es como si preguntara: ¿Cómo es que por una parte me dicen "Maestro Bueno", y por otra no reconocen que vengo de Dios? Sólo Dios es Bueno, por lo que, si quieren con sinceridad llamarme "bueno", tienen que reconocer que vengo de Dios".