Notaste el detalle sobre cuándo fue que los discípulos relacionaron esas palabras con la resurrección de Jesús?

SÍ: los discípulos probablemente TAMBIÉN creyeron que se refería al templo de Jerusalén. El asunto es que ellos aun no comprendían del todo la necesidad de la muerte y de la posterior resurrección de Jesús.

La verdad es que la única señal que Jesús le daría a los judíos incrédulos, era la de haber resucitado. Eso mismo les dijo, con otras palabras, cuando le reclamaron lo mismo en otra ocasión:

Mat.12:38 Entonces, como contestación a él, algunos de los escribas y fariseos dijeron: “Maestro, queremos ver de ti alguna señal”. 39 En respuesta, les dijo: “Una generación inicua y adúltera sigue buscando una señal, mas no se le dará ninguna señal, sino la señal de Jonás el profeta. 40 Porque así como Jonás estuvo en el vientre del gran pez tres días y tres noches, así el Hijo del hombre estará en el corazón de la tierra tres días y tres noches.

Los discípulos de Jesús en ese tiempo AÚN no entendían algunas de las enseñanzas de Jesús. La formación de UN CUERPO de cristianos ungidos que sería llamado "el cuerpo de Cristo" tampoco lo entendieron hasta algún tiempo después de haber ascendido a los cielos. Pero nosotros tenemos toda la historia desde que estaba vivo hasta que ascendió y cómo después creció ese cuerpo de ungidos, y podemos leer los relatos completos, y entender el significado de sus palabras con mayor claridad.