Yo no digo cual es lo correcto, porque no lo se.
Sí sé que Juan dice dos cosas distintas.
No es lo mismo "La Palabra era en un principio" que "la Palabra (se supone) existía desde el principio". La preposición desde indica el punto de origen o de partida.
Algunos estudiosos de la Biblia dudan que el principio del evangelio de Juan lo haya escrito él.
Pero yo me atengo a lo escrito.