El Papa Juan Pablo II solicitó de la Congregación para la Doctrina de la Fe dos estudios sobre la Teología de la Liberación, Libertatis Nuntius de 1984 y Libertatis Conscientia de 1986. En ellos se argumentaba básicamente que, a pesar del compromiso radical de la Iglesia con los pobres, la disposición de la Teología de la Liberación a aceptar postulados de origen marxista o de otras ideologías políticas no era compatible con la doctrina, especialmente en lo referente a que la redención sólo era posible alcanzarse con un compromiso político.
En ese momento el Prefecto de la Congregación era el entonces Cardenal Ratzinger (hoy Papa Benedicto XVI), crítico de la Teología de la Liberación. Señaló en dichos documentos lo que consideraba "errores de algunas formas de la Teología de la Liberación", que según conclusiones de la Congregación bajo su dirección son:
1- Desde un punto de vista teológico, el análisis marxista no es una herramienta científica para el teólogo que debe, previo a la utilización de cualquier método de investigación de la realidad, llevar a cabo un examen crítico de naturaleza epistemológica más que social o económico.
2- El marxismo es, además, una concepción totalitaria del mundo, irreconciliable con la revelación cristiana, en el todo como en sus partes.
3- Esta concepción totalitaria impone su lógica y arrastra las "teologías de la liberación" a un concepto de la praxis que hace de toda verdad una verdad partidaria, es decir, relativa a un determinado momento dialéctico.
4- La violencia de la lucha de clases es también violencia al amor de los unos con los otros y a la unidad de todos en Cristo; es una concepción puramente estructuralista, para legitimar esa violencia.
5- Decir que Dios se hace historia, e historia profana, es caer en un inmanentismo historicista, que tiende injustificadamente a identificar el Reino de Dios y su devenir con el movimiento de la liberación meramente humana, lo que está en oposición con la fe de la Iglesia.
6- Esto entraña, además, que las virtudes teologales de la fe, la esperanza y la caridad reciban un nuevo contenido como "fidelidad a la historia", "confianza en el futuro", y "opción por los pobres" que en realidad les niega su sustancia teológica.
7- La politización de las afirmaciones de la fe y de los juicios teológicos lleva a la aceptación de que un hombre, en virtud de su pertenencia objetiva al mundo de los ricos, es, ante todo un enemigo de clase que hay que combatir.
8- Todo eso lleva a un clasismo intolerable dentro de la Iglesia y a una negación de su estructura sacramental y jerárquica, 'hendiendo al Cuerpo Místico de Cristo en una vertiente "oficial" y otra "popular", ambas contrapuestas.
9- La nueva hermenéutica de los teólogos de la liberación conduce a una relectura esencialmente política de las Escrituras y a una selectividad parcial y mendaz (mentirosa) en la selección de los textos sacros, desconociendo la radical novedad del Nuevo Testamento, que es liberación del pecado, la fuente de todos los males.
10- También entraña el rechazo de la Tradición como fuente de la fe y una distinción inadmisible entre el "Jesús de la Historia" y el "Jesús de la Fe", a espaldas del magisterio eclesiástico».11