Deja en qué pensar si con alguna distro de Linux no se puede alterar esa partición.
Por lo menos a mi me ha dejado picado para probar con mi Mandrivalinux haciendo uso del diskdrake para ver si es cierto o no. Lastimosamente no tengo a la mano una memoria USB con ese tipo de particiones CDFS.
Lo otro seria probar a puro comando con la consola de cualquier distro pero hay que saberse las sintaxis de formateo para las USB [primero debe estar desmontada].