Durante la ausencia del Cid de Valencia las cosas cambiaban rápido, los almorávides ganaban adeptos en la ciudad, entrando en la ciudad un destacamento de almorávide que depuso a Al-Qadir, el Cid se dirigía a la ciudad, el cadi y un magistrado gobernaban en nombre del emir almorávide, al enterarse de esas noticias apretó la marcha, acampando a los pies de la muralla, el cadi Ibn Yahhaf se dispuso a resistir el asedio, a mediados de 1093 el cerco era asfixiante, en Valencia se esperaba la llegada de los almorávides que los liberasen, Rodrigo fue herido en una operación contra el reino de Albarracín, cuando se recuperaba ocurrió lo sé sabia llegaría, un gran ejercito almorávide de 10 000 hombres se dirigía hacia Valencia, el Cid se preparo y reforzó las defensas, desvíos el curso del rio Turia para dificultar la maniobra de la caballería enemiga, en Valencia ya se imaginaban liberados, pero sorprendentemente los almorávides se retiraron, al parecer por dificultades logísticas.

Finalmente el 15 de Junio del año del año del Señor de 1094 Rodrigo entro en Valencia que se rindió, Valencia era suya y solo suya, se especula bastante con que podría haberse nominado rey, pero los usos de la época decían que para ser rey era necesario tener sangre real, Castilla fue reino cuando el conde de Castilla era hijo de un rey, Rodrigo no tenía una gota sangre real, pero su hijo si….

Rodrigo como gobernante fue tolerante con el Islam, a fin de cuentas no tenia cristianos con quienes sustituirlos, y no podía dejar su “reino” sin pobladores, ordeno a sus hombres que los respetaran, apenas dos meses después organizo una expedición contra Denia, a mediados de Octubre estaban otra vez los almorávides en Mislata a menos de una jornada de marcha de Valencia, esta vez lucharían no habría escusas, en una habilísima maniobra nocturna cayó sobre el campamento almorávide desbaratándolo, era la primera derrota en campo abierto de los almorávides, cuando ya la victoria estaba consumada llegaron refuerzos del rey de Castilla y del de Aragón.

Siguieron dos años en calma, donde gobernó con sabiduría sus tierras, era el gobernante más justo que los valencianos habían conocido, pero la paz era siempre transitoria en aquellas épocas.

En 1096 nuevamente los almorávides cruzaron el estrecho, pero esta vez se dirigieron a Toledo, el rey Alfonso VI pidió ayuda y el Cid envió a 300 caballeros al mando de su hijo Diego Rodríguez, pues el Cid recelaba que lo de Toledo fuese un engaño y Valencia fuese el verdadero objetivo, Alfonso VI no había aprendido la lección de Sagrajas y cometió los mismos errores, siendo derrotado en Consuegra, Diego Rodríguez murió en la batalla.

Como el Cid temía los almorávides se dirigieron después de sus victorias a Valencia, el rey Pedro de Aragón se le unió con 200 caballeros, cayeron sobre los almorávides en Bairen, y los derrotaron sin paliativos, volviéndose al desierto.
Rodrigo estaba en la cumbre de su gloria, caso a su hija Cristina con Ramiro, infante de Navarra, y a su otra hija María con el infante Don Pedro de Aragón y en segundas nupcias caso con Ramón Berenguer conde de Barcelona, entrando la sangre del Cid en las casas reales de España.

Murió en la cama el día 10 de Julio del año del Señor de 1099, Jimena aun conservo Valencia algo más de dos años, pero ella no era Rodrigo y con apoyo del rey de Castilla se abandono Valencia