Lo de modificar el registro para que se cierre Windows más rápido, lo describen mejor en ---->>> click aquí.
¡Ah si! se me vino a la mente que también los cierres tardados de Windows pueden deberse a un virus (no hay que descartar esa posibilidad).
Con lo del comando "shutdown" no hay problema alguno en usarlo con bastante frecuencia ya que de hecho, es lo que uno le ordena a Windows cuando se hace uso del botón "apagar", sólo que con el comando se hace de la manera larga.