Es que la palabra 'habían' sí existe. Word corrige ortografía y algo de redacción, pero no es tan 'inteligente' como para determinar incluso el contexto.
Por ejemplo:
Habían sido los mejores días de mi vida. Aquí el uso es correcto.
Habían seis personas en la mesa. INCORRECTO.
Había muchos payasos. CORRECTO.
Lo mismo con 'hubieron':
Hubo muchas amenidades. CORRECTO.
Hubieron muchos contratiempos INCORRECTO.
Justo hubieron matado al pato, calentaron el horno. CORRECTO.
Yo ya me había percatado de que frecuentemente cometías el error, pero, sinceramente, uno ya no sabe cómo van a tomar los demás esta clase correcciones.
Escribes muy bien el español, incluso mejor que muchos hispanohablantes, por lo que estos errores lucen bastante.
Saludos.