Tras la invasión musulmana de la Península, en el año 714 Muza estableció el reparto del conjunto basilical, en el pacto de capitulación, por el que una parte se dedicó al culto islámico y en otra permaneció el culto cristiano, comprometiéndose a respetar la parte cristiana de la basílica mientras se pagasen los tributos exigidos. Dicha convivencia fue difícil, y no siempre se respetó el compromiso. Así, durante los conflictos entre yemeníes y muladíes en el año 748, las autoridades musulmanas emplearon la parte cristiana para el juicio y condena a muerte de los cabecillas de los yemeníes.
Finalmente fue expropiada y destruida en el año 786, para construir sobre ella la mezquita principal de la ciudad, reutilizando parte de los materiales.