EL Concilio de Trento ,como indique en aportación anterior fue auspiciado por el emperador Carlos V. Lo convoca el papa Paulo lll el 13 de diciembre de 1545 y se clausura el 4 de diciembre de 1563.Sus motivos fueron la replica a la Reforma Protestante mediante argumentos teologicos y las medidas adoptadas contra la relajación del clero, causa indirecta del protestantismo.A este hacer, se le llamo Contra-Reforma. Fue netamente español, por los fines que perseguia y por los teólogos de pensamiento Humanista, que le dieron vida: Lainez, Salmeron, Melchor Cano, Domingo de Soto…En realidad, entronca de alguna manera con el lll Concilio de Toledo, promulgado en el año 589, por el cual España se define Catolica con el rey visigodo Reacaredo, hijo del arriano Leovigildo.
Las ordenes religiosas enviadas a la difusión del catolisimo ,eran mendicantes. Se les suponía,que por vivir de las lismosnas desde su nacimiento en la Edad Media eran mas aptas que las de vida contemplativa, que apenas tenían contacto con el mundo.El cura,que no pertenecia a orden alguna, apenas tenia estudios teologicos y se temia no sin razón,que cayese inadvertidamente en herejía o desviación.Asi,fueron enviados franciscanos,dominicos y agustinos y mercedarios. Mas tarde serian los jesuitas que lo serian a zonas fronterizas o apartadas de las poblaciones . Hay que recordar de aporte anterior, que los indios fueron agrupados en poblaciones para mejor predicarles la doctrina .Con la llegada del esclavo negro, sucedería igual.
En los primeros tiempos, el clero se destaca por la defensa de los indios frente a los abusos de los conquistadores, e incluso desde las cátedras universitarias , juntas y reuniones en la Corte. Momento clave seria por ejemplo, cuando fray Antonio Montesinos, denuncia los malos tratos en la isla la Española. Bernal Diaz del Castillo, compañero de Hernan Cortez y encomendero alque ya hemos citado es el motor que da origen a las Leyes Nuevas,que intentan frenar a los abusos del sistema de la Encomienda
Lo cierto es, que sin llegar al maltrato del conquistador, el clero enviado se adocena y en algún momento incluso desatiende al indio. Esto se debe en gran parte, a los ingresos obtenidos .gracias a las donaciones de la Corona y de particulares.Con la Llegada de la Inquisicion,que como se ha dicho coincide con la difusión protestante, habrá un mayor control.Ya, el el año 1653, en que se clausura el Concilio de Trento, Felipe ll intenta excluir a las ordenes monásticas de la expansión indiana. Probablemente porque temia ver los problemas generados en España reflejados en America.Es decir: Vivir de las rentas y extender sus propiedades de manera desmedida.Lo cierto es,que si bien hay baile de cifras,todos los autores coinciden en las grandes propiedades de la Iglesia al final del colonialismo. Apuntar además,que la Inquisicion por su actividad procesal tiene ingresos por las multas y confiscaciones. Se da el caso de que al ser tan grande su poder económico, puede prestarle dinero al Virreinato. Las penas que conllevan la pena de muerte ,son entregadas al bazo secular para que las ejecute. La bigamia y los delitos del clero contra el celibato, son considerados como negación o ataque a un sacramento o de negación sobre lo que la Iglesia ha predicado.Los indios y los negros (se supone incapaces de distinguir herejía) solo responderán ante la Inquisicion,por hechicería,magia y bigamia.
La Iglesia hispano criolla, que nacera tras el Concilio de Trento, integrada por españoles, criollos y mestizos mantiene la organización territorial de la vieja cristiandad: archidiócesis, o diócesis metropolitanas,cabeza de las provincias eclesiásticas y diócesis sufragáneas o dependientes de aquellas,a su vez divididas en parroquias.Por concesión del papa el Rey es delegado papal en las Indias.Lo que originara abusos.Habia parroquias para españoles y para indios.No se hace por “aparteid” sino por adoctrinamiento de los últimos.