Debe haber un proceso de fondo que se queda "trabado" y por eso el Windows tarda en apagarse, ya que trata de cerrarlo pero no puede.
Yo que vos revisaría que programas inician, cuales de esos me sirven desde el arranque y dejar de lado los que no.

Por cierto, ¿cuando apagas la PC no se mira un aviso de "instalando actualizaciones"? hay veces que el windows update hace tardar el apagado por estar instalando las actualizaciones descargadas.